По общему правилу суммы НДС, принятые к вычету, подлежат восстановлению в случае получения налогоплательщиком из бюджетов бюджетной системы РФ субсидий на возмещение затрат, связанных с оплатой этих товаров (работ, услуг, имущественных прав) . Оплату товаров (работ, услуг, имущественных прав) за счет кредита, списание которого производится за счет бюджетных средств, полученных банком в соответствии с Постановлением Правительства от 16.05.2020 N 696 (далее-Постановление), в целях НДС следует рассматривать как получение бюджетной субсидии самим налогоплательщиком.
Таким образом, если стоимость товаров (работ, услуг, имущественных прав) с учетом НДС была оплачена за счет кредита, сумма которого и проценты по которому полностью списаны банком (не требуется их возврат), суммы НДС, принятые к вычету в установленном порядке, подлежат восстановлению налогоплательщиком в периоде списания льготного кредита.
Если же списание полученного кредита, за счет которого оплачены покупки с учетом предъявленного НДС, и процентов по нему будет произведено банком частично, то суммы НДС, принятые к вычету, подлежат восстановлению налогоплательщиком в соответствующей доле. Указанная доля определяется в порядке, предусмотренном подп. 6 п. 3 ст. 170 НК РФ.
Что касается средней заработной платы работников для списания кредита, то в Постановлении №696 были внесены изменения и теперь исключено требование о том, что средняя зарплата работника заемщика должна быть не ниже МРОТ, но введено положение о том, что она должна выплачиваться в соответствии с требованиями трудового законодательства, что исключает некорректный расчет средней заработной платы у заемщика, выплачиваемой в том числе работникам с неполной занятостью или работающим по гражданско-правовым договорам, а также позволяет учесть работников, находящихся на больничном или в декретном отпуске (Письмо Минэкономразвития России от 09.12.2020 N Д13и-41132 "О реализации Программы на возобновление деятельности" ).